Kullanmak istediğin yere göre değişir. Eğer jQuery kütüphanesinden bahsediyorsan istediğin yere ekleyebilirsin. En alta eklersen üstünde yer alan jquery kodları çalışmaz bu yüzden genelde header.php yani temanın ust kısmının include edildiği dosyaya ekleniyor. Bu arada galiba soruyu anlamadım ben :D