Manuel olarak güncelleme yaptığımda eski dosyaları silmem gerekiyor ya, gerçi ayarlar veri tabanında kayıtlı ama, pasifleştirip yaparsam herhangi bir sorun olmaz mı? Site çok sorunlu bir siteydi, eklenti, ve sonrasında da sunucuya taşınarak normale dönebildi, ama şu anda da baya eski durumda. Korkuyorum açıkçası çok tecrübem de olmadığından...
Yedek alın. Hem SQL hem de dosya tabanlı yedek oluşturun. Böylece olası bir sorun da eski haline çevirirsiniz.