Anlattıklarımın haricinde sitenizin barındığı sunucu rootlanmış ise yapabileceğiniz hiçbirşey yok. Hangi önlemi alırsanız alın sitenize diledikleri gibi işlem yapabilirler. İsimtescilin sunucuları pek güvenilir değil açıkçası.. İsimtescilden bir sunucu rootlamayan hacker'ın yada lamerin hatrı kalmıştır herhalde şu sanal ortamda :D

Siz yinede vermiş olduğum tüm güvenlik önlemlerini uygulayın. Rootlanma olayı herzaman karşılaşılan türden değil. Belki eklentilerinizde bir açık bulmuş ve shell exploit göndermiş olabilirler veya sunucu üzerindeki başka bir hesaptan symlink vb bypass yöntemleri ile sitenizin database dosyasına ulaşmış olabilirler.

Sitenizin isimtescilde barınması konusuna gelince : ) her domainimi isimtescil üzerinden register ediyorum fakat orada asla web sitenizi barındırmanızı tavsiye etmiyorum, kendi görüşüm.