makaleler
id | baslik | makale

etiketler
id | etiket | hit

makale_etiket
id | makale_id | etiket_id

form'u gönderdikten sonra örneğin
$_POST['etiketler'] den gelen veriyi explode ile parçalayıp veritabanında sorgulama yaptırıp var ise hit'i+1 artırıp yoksa ekletmek ve makale id si ile makale_etiket tablosuna eklemen gerek.
makale_id sini mysql_insert_id() ile alabilirsin.