CronJob sunucu tabanlı çalışıyorsa, php context'ine bağlı değildir. Yani Php nin timeout'unu iplemez..
PHP'den pek anlamam ama dükümentasyonunu az bi şey okuyunca cevaplar kendiliğinden dökülüyor :) Bu arada Php docs'un türkçe dil desteği olması iyiymiş :)