Hocam biraz karmaşık ve sunucuyu yorabilecek şekilde şöyle yapabilirsiniz

Dosyaları siteye zip şeklinde yüklersiniz sonra php ile zipin içinden çıkartıp bir klasöre koyabilirsiniz sonrasında indirme linkine biri tıkladığında dosyayı zip içine koyarsınız indirme linkini verirsiniz belli bir süre sonra indirme linkini silersiniz