Eğer sadece tabloların kalması isteniyorsa ki anladığım kadarıyla öyle phpMyadmine giriş yap ve aşağıdaki kodu çalıştır.

DELETE FROM tablo_adı

burada tablo adı yazan yere sırasıyla tüm tablolarını yaz ve komutları çalıştır.

Eğer tablo içerisindeki verilerin de tutulmasını istiyorsan

phpMyadminden SQL dosyasını Dışa Aktar seçeneğiyle yedekleyip yeni veritabanın için phpMyadmin ekranından kaydetmiş olduğun dosyayı import edebilirsin