RewriteRule ^(.*) index.php?a=profile&u=$1 [L,NC]

Yukardaki kodu .htaccess e eklersen çalışır fakat sitendeki url yapısı çakışır ve bozulur.
Tavsiyem ek bir tag kullanman.
Örneğin;

site.com/user/harunlee
site.com/user-harunlee

vb gibi.

tam kararını verirsen yaz ona gore htaccess ayarlayalım.