Merhaba, ben de bu tarz bir problemle karşılaşmıştım, eğer function.php dosyasının kodlarını kaybettiyseniz bir subdomain açın, temanızı o adrese yükleyin ve içinden function.php kodlarını alın.
Daha sonra cpanel>>>file manager seçeneklerini takip ederek kendi sitenizdeki dosyayı güncelleyebilirsiniz.
Ben PHP kodlarına pek aşina değilim buna göre yazdım.