Mantık olarak şu şekilde işler; gönderen, alıcı, konu, mesaj sütünlarından oluşan bir tablo oluşturulur. Her yeni mesajda tabloya kayıt eklenir, her gleen kutusuna girildiğinde kayıtlar çekilir


A kullanıcısı B kullanıcısına mesaj gönderirse, tabloya şu kayıt eklenir:
gönderen: A kullanıcısının ID'si
alıcı: B kullanıcısının ID'si
konu: Merhaba
mesaj Tanışalım mı?

B kullanıcısı gelen kutusuna girdiğinde şu şekilde bir sorgu yapılır:
SELECT * FROM mesajlar WHERE alıcı = ((kullanıcının ID'si))

A kullanıcısı giden kutusuna baktığında da şu şekilde bir sorgu yapılır:
SELECT * FROM mesajlar WHERE gönderen = ((Kullanıcının ID'si))

Umarım anlatabilmişimdir, oldukça basit aslına bakacak olursanız.

Ek Olarak: İsteğiniz üzerine derme-çatma bir demo hazırladım, scriptiniz olduğu için üyelik olayına hiç girmedim, hızlı bir şekilde entegrasyonunu gerçekleştirebilirsiniz. Dosya içerisinde mesajlar tablosunun dökümü de bulunuyor:

Demo: http://labs.batuhanbensoy.com/ozelmesaj/
http://www.dosya.tc/server31/euqPb0/OzelMesajOrnek.zip.html