Bu sorun htaccess'den değil de farklı biryerdendi. Facebook'un codeigniter'lı klonunda da aynı sorun vardı. Bulursam paylaşırım.

Çözümü:

/system/application/config/config.php dosyasında

Şu satırı bul:
$config['permitted_uri_chars']

Şununla değiştir:
$config['permitted_uri_chars'] = 'a-z 0-9~%.:&_\-';

Ben sorunu böyle çözmüştüm. Bir dene istersen.