htaccess dosyasini sil.
webmaster araçlarndan tüm sitelerini sil
tekrar ekle dogrulama yaparken webmaster toolsun werdigi html dosyayı dizinine atarak dogrulama yap tekrar dene

sonra tekrar htaccess dosyasını eski sitene at dedigm şekilde atarsan sorunsuz çalişicaktir