tek bir rengi silmek istiyorsanız;

Seç - Renk aralığı :

Silmek istediğiniz rengi damlalıkla seçin (ben burada beyazı seçtim.)

Ve "delete" ile silin. (Silmeden önce katmanı çözüp altına boş bir katman eklerseniz arkaplan şeffaf olur.)