Eğer sistmenizde açık yoksa sorun hosting firması ile alakalı olabilir, servera giriş yapan kişiler root yetkisini aldıktan sonra başka siteler üzerinden sizin siteye sızmış olabilir.

Hosting firmanız ile irtabata geçin geçmiş dönemden uygun bir db'yi tekrar yüklesin shell taraması filan yapsınlar.