Az önce mailleri kontrol ederken fark ettim. Dotenvinin yeni versiyonu -3.0- yayınlanmış..

oto trim, birden fazla satır desteği vs eklenmiş. https://github.com/vlucas/phpdotenv/releases/tag/v3.0.0
Ayrıca dosya yolunu constructura değil create metoduna yazıyoruz artık.

Dotenv\Dotenv::create(__DIR__);