Merhaba,

Eski url'lerinizi 301 kalıcı yönlendirmesi yaparak eski indexlerinizi yeni yapıya yönlendirebilirsiniz. Kullandığınız altyapı ne ise ona göre bir .htaccess düzenlemesi yapmak gerekebilir.

Eski sayfalarınız halen aktif kullanımda ise o sayfaların head bilgisine nofollow, noindex rel etiketlerini ekleyerek arama motorlarının o sayfaları indexlemesini engelleyebilirsiniz.

Google URL kaldır kesin sonuç vermez, kaldır dediğiniz url'leri kesin olarak kaldıracağının garantisini zaten vermiyor google bu yüzden beklemeniz gerekiyor. Zamanla eski yapıda ki indexleriniz silenecektir ,sadece biraz sabretmeniz gerekiyor.