Arkadaşlar hepinize en büyük tavsiyem güncellemeleri manuel olarak (FTP yada Cpanel,Plesk v.b. host panellerinden) yapmanız. işin kolayına kaçmayın. Öyle wordpress kullanıcıları var ki bilgisayarında bir FTP client programı bile yok. Yapılacak işlemler basit. Eğer FTP client (FPT programı filezilla, CuteFTP v.b.) ile güncelleme yapacaksanız, arkadaşlarımızın da dediği gibi wp-content klasörü wp-config.php dosyası ve size ait diğer dosyaların dışında kalan dosyaları siliyorsunuz. (size ait dosyalardan kastım site haritası, ana dizinde yer alan görseller v.s.) sonra yeni indirdirğiniz wordpress dosyalarını direkt olarak üzerine atıp "üzerine yazdırıyorsunuz"
Burada da ufak bir tavsiyem olacak ham wordpress dosyası içinde wp-config-sample.php, lisans, readme, 2 tane defult tema gibi işinize yaramayacak dökümanlarda var onları temizleyip atarsanız daha hızlı güncelleme yaparsınız. Dosyaları attıktan sonra /wp-admin e girdiğinizde direkt olarak veritabanı güncelleme uyarısı gelecektir. Hepsi bu.

Wordpress'in başlangıç panelinden yapacağınız otomatik güncellemeler bir anlık timeout hatasına bakar ondan sonra böyle garip garip eksik dosya hataları almaya başlarsınız. Siz siz olun yedeğinizi alın, güncellemenizi manuel olarak yapın.