Normal siteler için farkı yok. Ancak domainin 2-3-4 karakterliyse (link kısaltma siteleri gibi) belki çok küçük bi ihtimal olabilir ;) Kişisel tavsiyem ise onları wm tools'dan ayrı ayrı takip etmek yerine, www olmadan girenleri hosting panelinden vs. www sayfaya yönlendirt. Ayrım olmasın.