profdizayn hocam bu konunun uzmanı değilim, ancak şöyle bir araştırdım ve "Disallow: /en/
Disallow: /tr/" komudunun "siteme gelen robotlar /en ve /tr dizinlerini incelemesin" anlamına geldiğini öğrendim.

Aldığınız hatanın sebebi google'ın alt kategoride yer alan yazılarınıza ulaşması için (Tr ve En) alt kategorilere ulaşması gerekmesidir. Çünkü site.com/tr/yazi_linki'nin bir arama motoru tarafından taraması için önce site.com'a bağlanılmalı sonra tr kategorisine girilmelidir.

Umarım yanıtınız budur.

İyi forumlar dilerim..