Öncelikle geçmiş olsun.

1) evet search consol'a eklemeseniz dahi google botları sitenizi taraması muhtemel, robots.txt doyasına disallow koyarsanız taramaz.

2) muhtemelen olmaz, indexler hiç görünmediyse sıkıntı yok.

3) bence farklı bir e-posta ile önbelleği temizleyerek kayıt yapın. Normalde bu adsense için sözkonusu aslında aynı webmastertools da bir site spam yerse aynı hesaptaki diğer bir siteye birşey olacağını sanmıyorum ama yine de garantiye alın.