Merhaba,

En basit yoldan yeni bir tablo açmanıza dahi gerek yok. Kullanıcıların bulunduğu tabloya, yeni 2 adet sütun ekleyin. Bunlardan birisi onay, diğeri hash olsun. Kayıt formunun bulunduğu sayfada onay'ı 0 olarak insert edin, giriş sayfasında ise onay 0'a eşit değilse giriş yapabilsin. Eğer onay 0 ise, kullanıcının aktivasyon onayını yapmadığını belirtin. Daha sonrasında tekrar kayıt formuna dönüp, hash kısmında rastgele bir kod üretmeniz gerekiyor. random fonksiyonuyla da bunu yapabilirsiniz. Mail göndermek için de şunları önerebilirim;

https://github.com/eoghanobrien/php-simple-mail
https://github.com/PHPMailer/PHPMailer

Mail'i gönderirken kullanıcıya hash kodunu göndermeniz yeterli. Aktivasyononay.php adında da bir dosya oluşturup, GET ile hash'i çekin. SQL sorgusuyla da bu hash değerini veritabanında aratın. Eğer hash bulunduysa, tekrar bir SQL sorgusu gönderin ve onay'ı 1'e eşitleyin.

En basit mantığıyla elimden geldiği kadarıyla anlatmaya çalıştım, bir sorunuz varsa anlamadığınız bir yer varsa yardımcı olmak isterim. İyi çalışmalar. :)