jquery.min.js ile app.js çakışıyor olsaydı önce app.js tanımlanıp sonra jquery.noconflict kullanarak kendi js dosyanızı yazabilirdiniz fakat

app.js de kullanılan bir fonksiyon ile all.js de kullanılan fonksiyonların isimleri aynı ama işlevleri farklı ise en son tanımlanan geçerli kılınır.

eğer ikisininde farklı işlev görmesini istiyorsanız ikisinden birinin içine girerek

$ işaretini var $j = jQuery.noConflict(); şeklinde değiştirerek tüm $ işareti gördüğünüz yere $j yazmalısınız.

Fonksiyonlar sayfada ekstradan script taglarının içinde çağrılıyorsa onlarıda $j olarak düzeltmeniz gerekir.

$j düzeltmesini app.js için yaptığımızı varsayarsak $j app.js deki fonksiyonları çağırır.
$ işareti ise all.js dekileri çağırır.

Ekstradan sizde kendi jslerini yazacaksınız ve fonksiyon isimlri aynı olacaksa sayfanın en altında yani en son sizin scriptiniz src ile çağrılmış olmalı ve scriptinizin en tepesine;

var $q = jQuery.noConflict(); diyerek $q ile kendi fonksiyonlarınızı çağırabilirsiniz.