hocam bana sorarsan şöyle bir mantık olmalı. Veritabanında tema adındaki sütunda 1,2,3 gibi sayılar olacak. Daha sonra ana dizinde tema adında bir klasör olacak. O klasörde de 1,2,3 gibi alt klasörler olacak.

Şimdi mesela index sayfası yüklenirken header.php çekilecek. dosya çekilirken şu şekilde çekilecek.

require $db['tema'].'/header.php';

Yani eğer tema 1 ise 1 adlı klasördeki header,eğer 2 ise 2 adlı klasördeki header.php çalışacak.

Basitçe benim mantığım bu, siz geliştirebilirsiniz.