Hmm. Siz de benim gibi komplike değişiklikler yapıp, iyice özelleştiriyorsunuz. Eklenti dosyalarına gelen güncellemelerde ben eklentiyi yapan kişinin ya da şirketin internet sitesindeki Changing Files bölümüne bakıyorum. Genellikle kendi internet siteleri üzerinden yayın yapanlar, değişen dosyaları ayrı olarak belirtiyorlar. Böyle olduğunda da FTP'den sadece değişen dosyaları ekliyorum sisteme. Bir hata olursa da yedekten telafi ediyorum.
Host veya sunucu sağlayıcınıza danışıp, güncelleme öncesi bir tarihte yedeğiniz varsa değişen dosyayı oradan kurtarabilirsiniz bu arada. :)