Normalde nameserverlar
Kullanıcı -----ns---->Site
şeklinde bir bağlantı sağlıyorlar. Bu cloudflare olduğunda
Kullanıcı ----cloudflare---(ns)--->site
Şeklinde oluyor. Bu mantık, link kısaltma mantığı ile aynı gibi diye düşünüyorum.
Sorunuzda "Cloudflare bunu nasıl anlıyor?" demek istediyseniz, ona da yanıt vereyim. Kurulum aşamasında ilk etapta DNS'lerinizi sistem tanıyor, "Bu DNS'leri bununla değiştir" diye size özel bir DNS oluşturuyor. Bu şekilde ulaştığını düşünüyorum.