Envato eklentisiyle güncellerseniz, sanırım tüm dosyalar değişir. Ben şahsen işimi otomatiğe bırakmıyorum, manuel olsun, bizim olsun diyorum. :)

Temalar güncellendikten sonra Download bölümünden indirdiğinizde içinde Patch V1.1-1.2 gibi bir klasör oluyor, yenilenen dosyalar orada yer alıyor genellikle.