genişlik için width yerine flex-basis veya flex kullanın ve kutuların genişliğini 50% yapın.

daha sonra flex-wrap: wrap; kullanarak her 3. elemanın alt satıra geçmesini sağlayabilirsiniz.

ayrıca eşit ve dengeli olabilmesi için margin-left kodunu kaldırın.


#anadiv{
position:relative;
margin:auto;
height:400px;
width:1200px;
background-color:#e74c3c;
display:flex;
justify-content:center;
flex-wrap:wrap;
padding:20px;
box-sizing:border-box;
}
.item{
background-color:#16a085;
height:250px;
flex: 0 0 50%;
box-shadow:1px 1px 2px black;
}