Hocam temiz kodlama yaptığınızı düşünüyorsanız böyle bir korkunuz olmasın. Günümüzde Facebook ve Instagram gibi büyük ekiplerin çalıştığı sistemler bile patlıyor. Site oluştururken bilinen önlemleri almanız yeterli. (Sql injection, veri saklamada şifreleme, dizin erişim yetkileri vs). Zaten kurduğunuz site büyük bir kitleye hitap edecekse kuran kişi ekstra koruma seçenekleri ekler. Cloud fire vs.
Sizin yapmanız gereken yazılımları kullanırken en güncel haliyle kullanmak. (Mesela php 7' ye geçtiğimiz günümüzde mysql_connect vs komutları kullanıyorsanız zaten 1-0 geridesiniz. Pdo kullanın, ne gibi dezavantajlari var ve nasil onleyebilirim diye araştırın. )
Sonuç olarak herşey kul yapısı. Siz elinizden geleni yapın. Oldu ki takıldıniz buraya konu açın. Mutlaka bilen birisi vardır.

Sakıp Sabancı rahmetlinin bir sözünü düstur edindim. Sizle de paylaşayım;
Bir şeyin her şeyini öğrenin. Herşeyin bir şeyini.
Neyin nerede lazim olacağı belli olmaz. Beyninizde her şeyden bir iki kırıntı olsun.