Öncelikle şunu belirtmek isterim Javascript veya Java gibi betik-programlama dillerinin her ikisi ile de masaüstü, web veya mobil geliştirmeler yapabilirsiniz. Ancak platformlar farklı olduğundan geliştirme ortamları, kullanılan araçlar aynı dilde olsa bile bambaşka. Yani Web'de geliştirme yaparken kullanırken Java ile mobil ortamda geliştirme yaparken kullandığınız Java birbirinden çok farklı. Size tanıdık olarak gelecek tek şey Java Basic'i ve Java Syntax'ı olacak. Daha önce programlama dili tecrübeniz yoksa (HTML,CSS betik dilidir. Programlama dili değil.) Java'dan başlamanız daha kolay olur. İngilizceniz okduğunuzu anlamaya yeterliyse kaynak konusunda Java'da muhtemelen sıkıntı yaşamazsınız. Başlangıç olarak Java ile uzun uzun basit şekilde çalışmalar yapabilirsiniz. Kolayca masaüstü veya mobil uygulama geliştirebilirsiniz. Java ile mobil geliştirme yaparken Android Studio gibi IDE'leri kullanmak sizi birçok zahmetten kurtaracaktır. Yalnız Javascript kullanacaksanız belli bir aşamadan sonra framework kullanmak durumunda kalacaksınız. MVC yapısı hakkında bilginiz yoksa bu durumun yeni başlayacak birini yorabileceğini düşünüyorum.

Kişisel tercihim Javascript yönünde. Önyüz yazarken (Angular, React , Vuejs) gibi dünya devi şirketlerin geliştirdiği framework'ler ile dinamik websiteleri yazabilirsiniz. Bu javascript framework'lerinin kurumsallık bakımından Java'dan herhangi bir geri kalır noktası yok. Ayrıca kendi fikrim olarak belirtmek istiyorum; insanlar zamanla Java ile statik web sayfaları yazmak yerine Javascript ile dinamik sayfalar oluşturacaktır. Java Web servis olarak back-end'de kullanabilir ancak javascript'te de NodeJS kullanırsanız yine Java'dan eksik kalır bir noktası olmayacaktır. Ayrıca Javascript kullanarak frameworkler ile cross-platform geliştirme de yapabilirsiniz.

Tecrübeniz yoksa Java'dan başlamanızı öneriyorum. Belli seviyeye geldikten sonra memnun olmazsanız kararınızı değiştirebilirsiniz. Kararınızı belli süre sonra değiştirmenizin size herhangi bir zararı olmayacaktır. Aksine belli bir tecrübeye ulaştığınız için olayları kavramak konusunda daha az zorlanacaksınız.