Kullandığınız jquery sürümlerini sayfalara göre ayırıp, ayrı ayrı çalıştırabilirsiniz. Ancak bunu yapabilmek için jquery ve php bilginizin iyi seviyede olması gerekir. Çünkü çakışan iki jquery sürümü aynı sayfada çalışmaz.
Örnek verecek olursak; datatable sayfanızda jquery 1.7 sürümü çalıştırılırken bunu olmadığı sayfalarda 1.12'yi kullanabilirsiniz. Bunu da basit bir controller ile sağlayabilirsiniz.