/etc/letsencrypt/ ve /etc/letsencrypt/live dizini altındaki dosyaları yeni sunucunuza taşımanız gerekirdi. Eğer eski server ile yeni serverin webroot yapılandırması aynı ise /etc/letsencrypt/renewal/*
komutu ile ssl yi yeniden aktif etmiş olurdunuz.

Normalde bu tip işlemler yapılırken panel üzerinden yada certbot delete yapılarak eski sunucu üzerindeki ssl sertifika silinmelidir. DNS yönlendirmeleri oturduktan sonra yeniden ssl aktif edilerek sorun kolayca aşılır.