Yeni bir FormData nesnesi oluşturup içerisine append metodu ile istediğiniz kadar key => value şeklinde veri ekleyebilirsiniz

let fd = new FormData()
fd.append('file_data', file)
fd.append('ID', id)

ajax ile gönderirken de data parametresine formdata nesnesini verin, ve şu değerleri ekleyin

$.ajax({
contentType: false,
processData: false,
data: fd,
...