.htaccess' e gerek yok. tr ve en klasörleri dışında ana dizinde index.php oluştur. htaccess ten ana sayfayı index.php olarak belirle. Ve index.php dosyasının içeriğini şöyle yap:

$dil = substr($_SERVER['HTTP_ACCEPT_LANGUAGE'], 0, 2);
if($dil == "tr")
{
header("Location: /tr/");
}
elseif($dil == "en")
{
header("Location: /en/");
}
else
{
// varsayılan dil
header("Location: /tr/");
}


Ek Olarak: en tr gibi dosyalara da sitenin çevrilmiş halini at. En basit yol bu. Bunun dışında tek dizinle de yapabilirsin ama uzun sürer. Ve karışıktır. Altından kalkamayabilirsin. GET metodu ile alınan dil bilgisine göre çerez oluşturucaksın. Sonra çerezlerde dil hangisiyse ona göre bir dil dosyası çağırıcaksın. en ise en dil dosyasını tr ise tr dosyasını mesela. Ve dil dosyalarındaki değişkenlerin adı aynı, stringler farklı dillerde olacak. Sitede bir şey yazdıracağın zaman değişkenleri kullanıcaksın vs. vs. Biraz yoğun olmasaydım daha net açıklamaya çalışırdım.